Im September 2010 haben die Gemeinschaft Evangelischer Kirchen in Europa und die Europäische Baptistische Föderation eine Kooperationsvereinbarung unterzeichnet, um ihre Beziehungen zu intensivieren und zu verbessern. Beide europäische Bünde sind damit zu „miteinander kooperierenden Körperschaften“ geworden. Konkret geht es um die gegenseitige Einladung zu Ratssitzungen und Vollversammlungen sowie regelmäßige Treffen der Führungsstäbe. Auch der theologische Dialog soll weitergeführt werden. Bislang verhindern die Differenzen in der Tauffrage eine volle Mitgliedschaft der Baptisten in der GEKE.