Die Evangelische Kirche im Rheinland hat Konsequenzen aus dem Handeln von Jürgen Fliege gezogen und am 7. Oktober 2011 ein Disziplinarverfahren eingeleitet. Auch als Pfarrer im Ruhestand untersteht er dem Pfarrerdienstgesetz, welches die Pfarrer in ihrer Lebensführung dem kirchlichen Auftrag verpflichtet.
Bei einem Disziplinarverfahren geht es um Amtspflichtverletzungen, nicht um Fragen des Bekenntnisses und der Lehre.